O monitoramento da água de lastro dos navios provenientes de outros países é fundamental para o controle de possíveis invasões de espécies exóticas na baía de Paranaguá. A água de lastro é utilizada pelos navios para compensar as variações de peso durante as operações de carga e descarga, de maneira a controlar o calado e manter o navio estável.

Quando um navio, proveniente de outro país, se direciona ao Brasil com os tanques de água de lastro cheios, ele é obrigado a fazer a troca da água presente nesses tanques em área oceânica. Ou seja, antes de ultrapassar o limite de 200 milhas náuticas da costa brasileira, em um local com no mínimo 200 metros de profundidade, o navio promove a troca da água de lastro por três vezes.

A troca oceânica é exigida porque organismos estuarinos que eventualmente estejam presentes nos tanques dos navios não são adaptados a sobreviver em águas oceânicas e, da mesma forma, organismos oceânicos não são adaptados a sobreviver em estuários ou baías. Esse procedimento é descrito na Norma da Autoridade Marítima (NORMAM nº 20/2014). Por isso, a Appa faz o gerenciamento da água de lastro de todos os navios provenientes do exterior por meio de verificações documentais e analíticas, como a procedência das embarcações e da salinidade da água do lastro.

Além disso, são realizadas ações com os tripulantes. Desde o recebimento da Licença de Operação do porto de Paranaguá em 2013, as verificações atendem à Norma da Autoridade Marítima.